Фамилия Доркунова — женская форма фамилии Доркунов. В основе почти наверняка лежит прозвище или нецерковное имя Доркун. Такие имена на -ун в русской традиции давали по характерному признаку: болтун, молчун, крикун. Доркун, скорее всего, происходит от глагола «доркать» — в некоторых говорах это означало «дёргать», «теребить», а также «беспокоить», «приставать». Человека с таким прозвищем могли назвать за суетливость, назойливость или за манеру дёргать собеседника за рукав.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «дор» (драный, рваный, или, в ином значении, пашня, новь). Тогда Доркун — тот, кто дерёт лыко или пашет целину, но эта гипотеза слабее, потому что суффикс -ун обычно указывает на действие, а не на предмет.

Фамилия встречается редко и имеет локальный характер. Основной ареал — северные и северо-восточные области России, в частности Архангельская и Вологодская губернии, где говор сохранил архаичные глагольные формы. По сословной принадлежности предки Доркуновых — почти наверняка крестьяне или посадские люди, поскольку фамилии на -ун редко встречались у дворянства.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на согласный прибавили суффикс -ов, затем окончание -а для женского рода. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков такую фамилию могли записать без суффикса, просто по прозвищу: «Ивашка Доркун», а уже его дети становились Доркуновыми.