Фамилия Доскужинова образована от мужской формы Доскужинов и относится к распространённому в тюркских языках типу фамилий на -ов/-ев. Её основа — составное имя или прозвище Доскужа (Доскужи), которое распадается на две части: «дос» (друг, товарищ) и «кужа» (хозяин, владелец, господин). В казахском, башкирском и татарском языках «дос» означает «друг», а «кужа» (или «хужа») — «хозяин», «владелец». Таким образом, Доскужа — это «друг-хозяин» или «товарищ-господин», то есть человек, которого окружающие воспринимали как надёжного друга, имеющего вес и положение. Подобные двухосновные имена (Беккужа, Каракужа, Досмухаммед) типичны для кочевых обществ, где в имени стремились отразить социальную роль или желаемое качество.

Фамилия Доскужинова — женская форма, характерная для русской паспортной системы, где окончание -а указывает на принадлежность к роду (дочь или жена Доскужинова). Сама фамилия, скорее всего, закрепилась в XIX — начале XX века, когда у башкир, казахов и татар начали массово фиксировать фамилии по отцовскому имени. Встречается она преимущественно в Башкортостане, Оренбургской области и в северо-западном Казахстане — регионах, где исторически жили башкиры и казахи, практиковавшие именование по отцу с добавлением родового суффикса.

Прозвище Доскужа могло быть дано не только по личным качествам, но и по роду занятий: так называли человека, который выступал посредником или покровителем, «хозяином» для своих друзей. В башкирской среде подобные имена-пожелания нередко давали детям, чтобы те выросли уважаемыми и влиятельными. Вариант Доскужин (без -ов) встречается реже, но фиксируется в тех же ареалах.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила полную тюркскую основу без обрусевшего сокращения — в отличие от, например, Доскова, где второй корень усечён. Это указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии, когда имя уже воспринималось как цельное. Сведений о дворянском или купеческом происхождении Доскужиновых нет — это фамилия, которая с большой вероятностью принадлежала к сословию государственных или ясачных крестьян, а позже — к разночинцам.