Фамилия Драганенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала самой массовой на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький» или «сын»: Драганенко буквально означало «сын Драгана» или «маленький Драган». Такая фамилия не указывает напрямую на род занятий, а скорее фиксирует родство по отцу, чьё личное имя или прозвище стало основой.

Основа фамилии — Драган — восходит к южнославянскому имени Драган, широко распространённому у болгар, сербов и хорватов. В основе имени лежит славянский корень *dragъ (дорогой, любимый). Имя Драган — уменьшительно-ласкательная форма от имён типа Драгомир, Драгослав, Драгутин. На украинских землях такие имена появились благодаря миграциям из балканских регионов или через церковные святцы, где встречались святые с корнем «драг». Впрочем, у восточных славян это имя не было таким частым, как на Балканах, поэтому фамилия Драганенко — довольно редкая и локализованная.

Встречается и другая версия, менее вероятная: связь с украинским диалектным словом «драган» — так в некоторых говорах называли человека с резким, грубым характером или даже драчуна. Однако в украинском языке для «драчуна» чаще используют слово «забіяка» или «битюг», а корень «драг» в фамилиях почти всегда ведёт к личному имени, а не к прозвищу.

Географически фамилия Драганенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. В России она редка и обычно принадлежит потомкам переселенцев с Украины конца XIX — начала XX века. Сословной принадлежности у фамилии нет: её носили и казаки, и крестьяне, и мещане, так как суффикс -енко был универсальным для всех слоёв украинского общества.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Драганенко стоит в одном ряду с Драганом, Драгановым, Драгиным. Но именно суффикс -енко выдает украинское происхождение: в русских фамилиях та же основа превратилась бы в Драганов или Драгин, а в белорусских — в Драганович. Так что по одной фамилии можно уверенно определить регион её возникновения.