Фамилия Друганкин строится по простой и прозрачной модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Друганк- — это уменьшительная форма от нецерковного имени Друган. Такие имена на Руси давали в быту, не связывая с крещальным календарём: Друганом могли назвать ребёнка, желая ему верных товарищей, или просто в знак близости, дружбы. Древнерусское слово «друган» родственно «дружине» и означало друга, соратника. Историк С. Б. Веселовский в своём труде по ономастике приводит реальных носителей этого имени: князь Дмитрий Михайлович Приимков-Ростовский (1571 год) и новгородский холоп Емельян Михайлов Друган (1603 год). Значит, имя было распространено в разных сословиях — от знати до крестьян.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с болгарским селом Друган в общине Радомир. Соблазнительно вывести её оттуда, но для русского крестьянского рода XVI–XVII веков маловероятно получить фамилию по чужому топониму, да ещё и не из соседних земель. К тому же болгарское «друг» (другой) даёт иную смысловую окраску. Основная и самая естественная гипотеза — прозвищная, от личного имени Друганка.

Форма Друганкин — с двойным суффиксом: сначала уменьшительным -к-, а затем притяжательным -ин. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России. Встречаются и однокоренные варианты: Друганов, Друганин, Друган. Все они восходят к одному корню, но Друганкин выделяется именно ласкательным оттенком исходного прозвища.