Фамилия Дубенець — яркий пример того, как географическое название или прозвище, связанное с местностью, становится родовым именем. Её основа — топоним Дубенец. Так назывались и называются несколько населённых пунктов на территории Украины и Беларуси (например, село Дубенец в Волынской области или в Брестской области). Человек, переселившийся из такого села в другую местность, получал прозвище Дубенець — «тот, кто родом из Дубенца». Со временем это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.

Суффикс -ець в украинской ономастике — один из самых распространённых указателей на происхождение. Он отвечает на вопрос «откуда?»: киянин — из Киева, полтавець — из Полтавы. Дубенець, соответственно, означает «выходец из Дубенца». Такая модель образования фамилий характерна для западноукраинских и белорусских земель, где в XVI–XVIII веках активно формировались фамилии крестьян и мещан по месту прежнего жительства.

Впрочем, есть и другая, более редкая версия. В некоторых говорах «дубенець» могло быть прозвищем крепкого, упрямого человека — от прилагательного «дубовий» (крепкий как дуб) или даже от глагола «дубіти» (коченеть, твердеть). Однако эта гипотеза менее убедительна: топонимическое происхождение для фамилий с суффиксом -ець встречается намного чаще, чем прозвищное.

Написание фамилии через «є» (Дубенець) — безусловный маркер украинского языкового ареала. В русской передаче фамилия обычно превращается в Дубенец, и тогда её уже легко спутать с русской фамилией, образованной от прозвища Дубенец (например, от слова «дубина» или «дубец» — прут, розга). Но в исходном украинском варианте «Дубенець» связь с конкретным селом или хутором прослеживается чётче.

Социально фамилия Дубенець не была элитарной. Её носители — в основном крестьяне и казаки, реже мещане. В реестрах запорожского казачества XVII–XVIII веков встречаются отдельные носители этой фамилии, что подтверждает её давнюю историю на украинских землях.