Фамилия Дуднаков — это пример того, как старинное прозвище, связанное с природой, стало родовым именем. В основе лежит прозвище Дуднак, которое восходит к славянскому нарицательному «дудак» (диалектный вариант — «дуднак»). В старину так называли дрофу — крупную степную птицу. Вероятнее всего, прозвище получил человек, напоминавший дрофу внешне или по повадкам: высокий, грузный или неуклюжий. Но есть и другой бытовой повод: Дуднаком могли прозвать заядлого охотника на эту дичь.

Менее правдоподобная, но возможная версия связывает прозвище со словом «дуда» или «дудка». В прошлом дудка была простым и популярным музыкальным инструментом, и Дуднаком могли назвать как того, кто на ней играл, так и мастера, делавшего дудки. Однако связь с птицей выглядит более естественной: в говорах «дуднак» прямо обозначало дрофу, а прозвища по схожести с животными и птицами — один из самых распространённых типов в русской ономастике.

Сама фамилия образовалась стандартным для русской традиции способом: к основе Дуднак добавили патронимический суффикс -ов. На выходе получилось «Дуднаков» — буквально «сын Дуднака» или «потомок человека по прозвищу Дуднак». Фамилия редкая и локальная, чаще встречается в южных и центральных областях России, где водилась дрофа и где сохранились диалектные формы слова.