Фамилия Дуднаковы — это, скорее всего, вариация или множественное число от фамилии Дуднаков, образованной от личного прозвища. Прозвище Дуднак восходит к диалектному славянскому слову «дуднак» — так в некоторых говорах называли дрофу (крупную степную птицу). Человек, получивший такое прозвище, мог напоминать дрофу внешностью или повадками: например, быть крупным, грузным или неуклюжим. Впрочем, не исключено, что Дуднаком прозвали заядлого охотника на эту дичь.

Менее правдоподобная версия связывает основу со словом «дуда» (дудка). Дудка была простым и популярным музыкальным инструментом, поэтому прозвище Дуднак мог получить музыкант-дударь или мастер, делавший дудки. Эта гипотеза слабее, поскольку для прозвищ от названия инструмента чаще использовались суффиксы -арь (Дударь) или -ильник, тогда как -ак/-нак характерен для прозвищ от названий животных и птиц.

Модель образования фамилии — типично русская: к основе Дуднак- добавился патронимический суффикс -ов, означающий «сын Дуднака» или «из рода Дуднака». Форма Дуднаковы (множественное число) традиционно обозначала всю семью или династию в целом, и в документах XIX — начала XX века могла закрепиться как фамилия целой ветви рода.

Точное место возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий длился несколько столетий, а прозвища от названий птиц и животных были распространены повсеместно. Слово «дуднак» в значении «дрофа» фиксируется в южнорусских и украинских говорах, что указывает на возможное происхождение фамилии из этих регионов. Встречаются также однокоренные фамилии Дудников, Дудкин, Дудка — но Дуднаков выделяется на их фоне редкой диалектной основой, сохранившей звуковой облик местного говора.