Фамилия Дуднакова образована от прозвища Дуднак. Самое прямое объяснение этого прозвища отсылает к славянскому нарицательному «дудак» и его диалектному варианту «дуднак». В старину так называли дрофу — крупную степную птицу. Прозвище могли дать человеку, который напоминал дрофу внешне или повадками: например, был крупного телосложения или неуклюжим. Не исключено и более конкретное занятие: Дуднаком могли прозвать заядлого охотника на дроф.

Есть и другая версия, пусть и менее убедительная. Она связывает прозвище с нарицательным «дуда, дудка». Дудка была одним из самых распространенных народных инструментов, и Дуднаком могли назвать либо того, кто на ней играл, либо мастера, который эти дудки делал. В любом случае, потомок человека с этим прозвищем получил фамилию Дуднакова.