Фамилия Духновкая заставляет задуматься в первую очередь о корне «дух». Однако её форма — с типичным суффиксом -ск- и окончанием -ая — выдаёт в ней фамилию польского или украинско-белорусского происхождения, образованную от географического названия. В русской традиции такие фамилии (на -ский/-ской) чаще принадлежали дворянству или духовенству, но в западных губерниях их носили и крестьяне, и мещане.

Скорее всего, в основе лежит название населённого пункта вроде Духново, Духновка или Духна. Такие топонимы встречаются на территории современной Беларуси, Украины и в западных областях России. Название деревни, в свою очередь, могло произойти от прозвища или имени Духно. В старину «дух» в прозвищах означал не только запах, но и характер: «духовитый» — гордый, сильный духом, иногда вспыльчивый. Либо указывал на профессию — например, на человека, работавшего с духами (благовониями) в церкви или в быту.

Версия с прямым прозвищем «Духновка» (от слова «дух») менее вероятна для фамилии на -ская: такие фамилии обычно не образуются от прозвищ, а привязывают человека к местности. Поэтому наиболее правдоподобно, что предок носителя фамилии был помещиком, священником или крестьянином из села Духновка, а при переезде или получении фамилии его записали как «Духновский» (мужской вариант). Женская форма Духновкая сохранилась либо как застывшая форма от мужа, либо как указание на то, что в семье главой была вдова или дочь.

Интересная деталь: написание через «о» во втором слоге (Духновкая, а не Духневская) указывает на то, что основа была именно с твёрдым суффиксом -н-ов-. Это типично для восточнославянских топонимов. Если бы фамилия была чисто польской, она могла бы звучать как «Духневская» (от Duchna). Таким образом, Духновкая — яркий пример фамилии-топонима, которая связывает её носителя с конкретным уголком на карте, где когда-то жил человек по прозвищу Духно или стояло село с таким названием.