Фамилия Духновский образована от древнего славянского мирского имени Дух, точнее — от его украинской формы Духно. Вопреки возможной догадке, слово «дух» здесь означало не сверхъестественное существо, а «душа». Имя Дух или Духно буквально несло смысл «наделенный душой», «дышащий», то есть «живой». Такие имена были распространены в дохристианской и раннехристианской традиции: давая ребенку имя Дух, родители подчеркивали саму суть жизни, а не призывали мистические силы.

При разборе фамилии обращает на себя внимание суффикс -овский. Эта модель типична для украинской и польской ономастики: она указывает на происхождение от конкретного лица (Духно) с добавлением притяжательного суффикса. Таким образом, Духновский — буквально «потомок Духно» или «принадлежащий роду Духно». В русской среде аналогичная фамилия могла бы звучать как Духнов, но форма на -ский выдает западнорусские или малороссийские корни рода.

Географически фамилия тяготеет к землям исторической Волыни, Подолья и Галиции. Встречается она и в современной Беларуси, что подтверждает её происхождение из зоны смешения украинских и польских говоров. В дореволюционных метрических книгах Духновские чаще всего записаны как мещане или крестьяне, то есть фамилия не была дворянской — она принадлежала простым людям, чьи предки когда-то носили личное имя Духно.

Стоит упомянуть и редкий вариант написания — Духновский, без мягкого знака в корне, что встречается в некоторых документах XIX века. Это не ошибка, а отражение местного произношения, где «хн» звучало твёрдо. В современных носителях фамилия сохранилась в основном в западных областях Украины и среди потомков эмигрантов первой волны.