Фамилия Духний — редкий случай, когда суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Основа «дух-» многозначна, а вот окончание «-ий» при мужской фамилии (Духний, а не Духной) выдает западноукраинское или белорусское происхождение. В русской традиции такие фамилии обычно застывают в форме «Духнов», «Духнин» или «Духов». Форма на «-ий» характерна для Волыни, Подолья, Галиции — регионов, где польская и украинская ономастика смешивались.

Что касается корня, здесь как минимум две равноправные версии. Первая — от прозвища Дух, которое в разных говорах означало либо «запах, аромат» (возможно, прозвище парфюмера или травника), либо «дыхание, душа» (человек с сильным голосом, певчий). Вторая версия — от крестильного имени Дух, которое могло быть народной формой имени Дорофей или Евдоким (через сокращение «Дух» от «Духидон» или «Духота» — спорно, но встречается в источниках XVII века). Менее вероятно, но тоже возможно — связь с польским «duch» (священник, ксендз) или с «duchowny» (духовный). Тогда фамилия могла указывать на принадлежность к духовному сословию, но не прямо, а через прозвище.

Суффикс «-ий» в украинских фамилиях часто выполнял роль притяжательного или относительного: Духний — «тот, кто относится к Духу» или «сын Духа». В польской традиции такая модель давала фамилии вроде Duchny, Duchni. В России подобные фамилии почти не встречаются, поэтому Духний — маркер западного славянского ареала.

Сословное происхождение определить сложно: фамилия могла появиться и у крестьянина, и у мещанина, и у священника. В метрических книгах XIX века на Волыни изредка попадаются Духнии среди православных и униатов, но массовой статистики нет. Однозначно одно: фамилия не искусственная, не семинарская (там были бы «Духовский» или «Духницкий»), а народная, прозвищная. Носитель фамилии Духний с высокой вероятностью имеет предков из западных областей Украины или юго-восточной Польши.