Фамилия Духновы образована от личного прозаища Духон, которое, скорее всего, имело переносный смысл. В основе лежит слово «дух» — одно из ключевых в народной культуре. Прямых значений у этого слова несколько: «дыхание», «запах», а также «умеренный жар в печи» (когда говорят, что печь держит дух). Но в прозвище Духон, вероятно, отразился характер человека. В народе бытовали выражения: «человек с духом» — то есть стойкий, смелый, храбрый; и, напротив, «человек с душком» — упрямый, своенравный, самолюбивый. Прозвище могло закрепиться за носителем любого из этих качеств.

Менее вероятна, но тоже возможна версия, связывающая фамилию с кавказским словом «духан» — мелочная лавка и шинок. Если прозвище Духон получил хозяин такой корчмы, то замена гласной «а» на «о» (Духан → Духон) объясняется «оканьем» — особенностью северных и некоторых среднерусских говоров, где безударное «а» произносится как «о». Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Духновы может иметь южнорусские или казачьи корни, где контакты с Кавказом были исторически плотными.

Сама фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Духон добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Духона). Со временем ударение сместилось, и фамилия закрепилась в форме Духнов — это результат стяжения безударного гласного в бытовой речи. Такая модель типична для русских фамилий, возникших в XV–XVII веках, когда прозвища активно переходили в наследственные именования.

О точном месте и времени возникновения фамилии Духнов говорить сложно, так как процесс формирования фамилий был длительным и неравномерным. Однако можно предположить, что её носители происходят из среды крестьян или посадских людей: прозвища, связанные с чертами характера или родом занятий, были особенно распространены именно в этих сословиях. Фамилия редкая, не попавшая в массовые списки дворянских родов, что также указывает на её простонародное происхождение.