Фамилия Духновская — женская форма фамилии Духновский, и её происхождение напрямую связано с древним славянским мирским именем Дух. Вопреки возможным ассоциациям, это имя не имело отношения к сверхъестественным силам. Его украинская форма — Духно — восходит к общеславянскому слову «дух» в значении «душа», «дыхание», «жизнь». Имя Дух или Духно буквально означало «живой», «дышащий», «наделённый душой». В языческой традиции такие имена давали, чтобы подчеркнуть жизненную силу и здоровье ребёнка.

Фамилия образована по типичной для восточнославянских земель модели: к основе Духно- добавился суффикс -овск-, который указывает на принадлежность к роду или местности. Суффикс -ский (-цкий) традиционно считался «дворянским» или «шляхетским», но на практике он часто встречался и у простых крестьян, особенно на западе и юге России, а также в Беларуси и Украине. Поэтому фамилия Духновский (и Духновская) не обязательно говорит о благородном происхождении — скорее, она указывает на географическую или родовую привязку к человеку по имени Духно.

В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, которые часто образовывались от отчества, фамилии на -ский могли возникать от названия населённого пункта. В данном случае возможна и вторая версия: предок мог получить фамилию по месту жительства — из села или хутора с названием вроде Духново, Духово или Духновичи. Такие топонимы встречаются в исторических документах Западной Руси и Польши, что делает эту версию правдоподобной, хотя менее распространённой, чем версия от личного имени.

Таким образом, у фамилии Духновская два равновероятных пути: либо она ведёт род от человека с именем Дух (Духно), либо от названия места, где этот человек жил. В любом случае, в основе лежит всё то же древнее слово «дух» — жизненная сила, дыхание, душа.