Фамилия Душанбин встречается настолько редко, что её происхождение приходится восстанавливать по косвенным данным. В русском языке у неё нет привычных фамильных суффиксов — нет ни -ов, ни -ин, ни -ский. Это сразу указывает на иноязычную основу, которая не была переоформлена по русской модели. Скорее всего, перед нами фамилия-топоним, образованная от названия города Душанбе — столицы Таджикистана. Окончание -ин в таком случае — не русский суффикс принадлежности, а часть тюркского или персидского слова, либо случайная русификация на письме по аналогии с фамилиями вроде Пушкин или Кузьмин.

Если отталкиваться от топонимической версии, то предок носителя фамилии мог быть выходцем из Душанбе или иметь прозвище Душанбе — так в XIX — начале XX века называли человека, который приехал из этого города или торговал с ним. В Российской империи и в раннем СССР переселенцам из Средней Азии нередко давали фамилии по месту происхождения, особенно если человек оказывался в русскоязычной среде. Фамилия могла закрепиться за таджиком, узбеком или даже за русским, долго жившим в Душанбе и получившим такое прозвище.

Сам топоним Душанбе в переводе с таджикского означает «понедельник» — город возник на месте базара, который собирался по понедельникам. Таким образом, в основе фамилии лежит не личное имя, а день недели, ставший названием населённого пункта. Это редкий случай: в русском ономастиконе фамилий, образованных от дней недели, почти нет (единичные примеры — Субботин, Недельский), а Душанбин — ещё и привязан к конкретному городу.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных телефонных справочниках и базах данных России она почти не фиксируется, что подтверждает её локальный и, вероятно, недавний характер. Носители могут быть сосредоточены в Таджикистане или среди таджикской диаспоры в странах СНГ. Других версий — от прозвища, ремесла или имени — для Душанбин предложить нельзя: ни в славянских, ни в тюркских языках нет подходящей основы, кроме названия столицы.