Фамилия Душинин образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Душинин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Душиня. Основа здесь — не полное календарное имя, а скорее всего, производная форма от мирского имени или прозвища, которое имело корень «душ-». В древнерусском языке слово «душа» могло употребляться в переносных, ласкательных или ироничных значениях: «душенька», «душистый», а также «душить» — то есть давить, угнетать. Поэтому прозвище Душиня могло относиться либо к очень мягкому, душевному человеку, либо, напротив, к тому, кто «душит» других — скупому или придирчивому.

Менее вероятна, но не исключена связь с нецерковным именем Душан или Душа, которое встречается у южных славян (ср. сербское имя Душан). Однако для северных русских земель, где фамилия Душинин фиксируется чаще, типичнее суффиксальная форма от прозвища, а не заимствование. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются прозвища Душа, Душин, Душило — все они относятся к разряду «характерологических», описывающих поведение или внутренние качества человека. Фамилия Душинин могла возникнуть в нескольких независимых очагах: в Вятской, Пермской или Костромской губерниях, где такие прозвища бытовали особенно плотно.

Интересная деталь: фамилия Душинин не имеет варианта с суффиксом -ов (Душинов), что говорит о её более позднем закреплении, когда модель на -ин уже доминировала. Если бы прозвище Душина было образовано от слова «душа» в значении «крепостной человек» (в некоторых говорах так называли дворового), то фамилия могла бы указывать на социальное положение предка. Но прямых документальных подтверждений этому нет.

В современных справочниках фамилия считается редкой. Её носители живут в основном в центральной России и Поволжье. Однофамильцев с фамилией Душинин по переписям начала XX века было немного, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища в конкретной волости.