Фамилия Дыхненко — яркий пример восточноукраинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена на Левобережной Украине, а позже закрепилась и на юге России. Суффикс -енко исторически означал «маленький» или «сын»: Дыхненко — буквально «сын Дыхна» или «потомок Дыхна». Основа же — Дыхно — это неканоническое личное имя или прозвище, которое, скорее всего, восходит к глаголу «дыхать» (дышать). В старину такие прозвища давали либо человеку с заметным дыханием (например, с одышкой или, наоборот, с очень громким выдохом), либо, в переносном смысле, человеку живому, энергичному, «дышащему жизнью».

Интересная деталь: в русских говорах слово «дых» могло означать не только дыхание, но и «запах», «дух». Возможно, прозвище Дыхно закрепилось за человеком с сильным запахом — это не обязательно оскорбление, а скорее бытовая примета, как у многих древних прозвищ (например, Воня, Дух). Украинская огласовка фамилии (с мягким «н») указывает на южное происхождение, вероятно, из черниговских или полтавских земель, где фамилии на -енко особенно типичны.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает точнее определить корень. Дыхненко стоит в одном ряду с Дыхно, Дыхов, Дыхалкин, Дыханов. Если Дыхалкин явно от глагола «дыхать», то Дыхненко — более архаичная форма, где основа сохранила древнюю краткую форму имени. Встречается и вариант Дыхненков, характерный для донских казаков, которые часто русифицировали украинские фамилии, добавляя -ов.

Социальный состав носителей фамилии в XIX веке, судя по архивным данным, был преимущественно крестьянским и казачьим. Дыхненко встречаются в метрических книгах Харьковской, Екатеринославской и Воронежской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простого люда, за которой стоит не герб, а живая история: тяжелое дыхание за плугом или звонкий голос на ярмарке.