Фамилия Дохненко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -енко, распространённой в Поднепровье и на Слобожанщине. Такие фамилии буквально означали «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в основе: Дохненко — сын До́хна.

Что скрывается за этим До́хном? Здесь возможны два совершенно разных пути, и оба имеют право на жизнь.

Первый путь — канонический. Дохно могло быть народной, обиходной формой крестильного имени Даниил. В украинской традиции имя Даниил нередко сокращали до Дахно, Дохно или Доня. Если следовать этой версии, фамилия восходит к древнееврейскому «судья мой — Бог» и не несёт в себе никакой мрачной окраски.

Второй путь — прозвищный, и он куда интереснее. Украинский глагол «дохнути» означает «погибать, умирать», «издыхать». Казалось бы, странная основа для имени. Но в народной культуре восточных славян такие «плохие» имена (Некрас, Нелюб, Дурак, Дохно) выполняли роль оберега: родители нарекали ребёнка «умирающим» словом, чтобы обмануть злых духов и отвести от него настоящую смерть. Считалось, что мальчик с таким именем вырастет здоровым и крепким. Прозвище Дохно — это не проклятие, а охранная магия, и в этом его суть.

Выбрать одну версию как единственно верную сложно. Фамилия могла возникнуть и из имени Даниил, и из охранительного прозвища. Обе гипотезы объясняют происхождение, и обе опираются на живую народную речь.

В документах фамилия встречается с XIX века. Например, в Книгах памяти упоминается прораб Геннадий Петрович Дохненко, родившийся в 1895 году в Краснодарском крае. Это говорит о том, что носители фамилии жили не только на Украине, но и на Кубани, куда переселялись казаки и крестьяне.