Фамилия Дырдина образована от прозвища Дырда. Его основа — славянский корень «дырд-», который в древнерусском языке и диалектах имел значение «глупый», «сумасшедший», «неразумный». Казалось бы, прозвище указывает на не самые лестные качества предка, но здесь есть важный нюанс.

В народной культуре Восточной Европы была распространена практика «охранительных» имён. Ребёнка намеренно называли Дырдой (или похожим прозвищем с отрицательным смыслом), чтобы обмануть злых духов: мол, дитя глупое и никчёмное, не стоит его забирать или портить. По народной логике, такое имя служило оберегом: родители надеялись, что сын вырастет как раз умным и сообразительным — вопреки названию. Так что Дырда могло быть не обидной кличкой, а сознательным пожеланием ума, упакованным в противоположную форму.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Дырдина — дочь или жена человека по прозвищу Дырда. В русской ономастике это одна из самых распространённых моделей образования фамилий, наряду с -ов/-ев. Фамилия встречается преимущественно в центральных и южнорусских регионах, а также в Поволжье, что характерно для прозвищ, возникших в крестьянской среде. Дворянских родов с такой фамилией история не знает — это однозначно фамилия простого сословия, скорее всего, крестьянского или мещанского.

Если сравнивать с однокоренными, то Дырдины стоят в одном ряду с фамилиями Дырдов, Дырдин, Дырденко. Все они идут от того же корня, но различаются по суффиксам и географии: -ов и -ин типичны для великорусской территории, а -енко — для украинской.