Фамилия Дюбко — украинская по происхождению, и её разгадка лежит в народном прозвище Дюбок. В основе лежит слово «дзюбок», которое в старину на Украине означало человека со следами оспы на лице — рябого. Такие прозвища были распространены: внешний признак, заметный каждому, легко приклеивался и заменял имя.

Но есть и вторая версия, не менее правдоподобная. Существовал диалектный глагол «дзюбить» — «клевать». Отсюда прозвище мог получить малоежка, тот, кто «клюёт» понемногу, а не ест за двоих. Обе гипотезы связаны с украинской диалектной лексикой, и выбрать одну сложно — обе имеют право на жизнь.

Фамилия образована по типичной для украинских фамилий модели: прозвище Дюбок плюс суффикс -о, который в украинской ономастике часто выступает как финаль, закрепляющая прозвище в роли фамилии (сравните: Шевченко, Коваленко, Дюбок → Дюбко). Это не патронимический суффикс, а именно фамильный показатель, характерный для Восточной Украины.

Со временем прозвище полностью вытеснило наследственное имя в быту и документах, и потомки Дюбка стали носителями этой фамилии. Сегодня фамилия встречается преимущественно в украинских областях, а также среди потомков переселенцев в других регионах.