Фамилия Дюндя — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без суффикса -ов или -ин. Такая «голая» форма (Дюндя, а не Дюндин) обычно указывает на украинское, белорусское или южнорусское происхождение, где фамилии часто застывали в виде прозвища, особенно в казачьей среде или среди крестьянства. Если бы фамилия оформлялась по великорусской модели, она звучала бы как Дюндин — человек из рода Дюнди.

Корень «дюнд-» в русских говорах и диалектах не встречается в литературном языке, но имеет живые параллели. В южнорусских и украинских говорах «дюндик» или «дюндя» — это прозвище для медлительного, вялого или рассеянного человека, который «дюндит», то есть делает что-то не спеша, тянет, копается. Глагол «дюндеть» (или «дюндить») в ряде областей означал ныть, хныкать, надоедать однообразной просьбой. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за свой характер: либо за медлительность и задумчивость, либо за привычку жаловаться.

Существует и более редкая версия, связывающая слово с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях корень «дюн» означает «вчера» или «прошлое». Прозвище Дюндя могли дать человеку, который постоянно вспоминал прошлое, жил старыми порядками или просто родился накануне какого-то события. Однако эта гипотеза менее вероятна: для русского уха такое прозвище звучало бы чужеродно, и оно вряд ли прижилось бы в крестьянской среде без адаптации.

Фамилия Дюндя — штучная, нечастотная. В дореволюционных переписях она встречается эпизодически, в основном на территории современной Украины (Черниговщина, Полтавщина) и в приграничных областях России (Курская, Воронежская губернии). Встретить её в Сибири или на Севере почти невозможно — это маркер южного ареала расселения.

Интересно, что фамилия не перешла в дворянские роды. Дюнди — это всегда крестьяне, реже мещане или казаки. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не известно, и это нормально: большинство русских фамилий такого типа — это и есть «молчаливое большинство» предков, чья биография укладывается в одно прозвище.