Фамилия Дюндина образована от прозвища Дюндя. Его происхождение неочевидно, и исследователи предлагают несколько версий, связанных с разными диалектами. Самая прямая линия ведёт к слову «дундук» — в олонецких говорах так называли бестолкового человека, а также толстяка низкого роста. В смоленских говорах существовало слово «дюндик» — коротыш, малорослый человек. Оба значения указывают на то, что прозвище, скорее всего, описывало внешность или характер первого носителя.

Интересная деталь: прозвище могло выполнять роль оберега. В народной традиции родители иногда нарочно давали ребёнку «плохое» имя, чтобы отвести от него злые силы. Надеясь вырастить высокого и статного сына, они могли назвать его Дюндей — как бы «наоборот», чтобы сглаз не пристал.

Фамилия закрепилась через типичную русскую модель: к основе Дюнд- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Дюндин). Со временем форма «Дюндина» стала женским вариантом, а мужской — Дюндин. Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а/-я, и встречается в северных и центральных областях России, где диалектная лексика вроде «дундук» или «дюндик» была в ходу.