Фамилия Дюнькова — это женская форма фамилии Дюньков, и её появление на свет почти наверняка связано с мужским прозвищем Дюня. Если отбросить типичный для русских фамилий суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Дюньков), остаётся основа Дюньк-, которая требует разбора.

Вероятнее всего, корень здесь — Дюн-. Это диалектное слово, которое в некоторых южнорусских и украинских говорах означало «надутый», «высокомерный» или «ворчливый» человек. Суффикс -ьк- в основе прозвища — уменьшительный или пренебрежительный: Дюня — человек с таким характером, а Дюнька — ещё более «мелкий» вариант того же типажа. Таким образом, Дюньков — сын Дюньки, то есть потомок человека, которого в округе звали занудой, гордецом или брюзгой.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «дюня» — это не прозвище, а название растения (разновидность полыни) или даже кушанья (род каши). Но такие значения встречаются редко, и прозвищный характер фамилии всё же надёжнее: ономастика знает множество примеров, когда личное имя или прозвище с суффиксом -к- становилось основой фамилии (Ивашка → Ивашков, Петька → Петьков).

Географически фамилия Дюньков (и Дюнькова) тяготеет к югу России — Курской, Воронежской, Белгородской областям, а также к Украине. В северных регионах она почти не встречается, что косвенно подтверждает южнорусское происхождение прозвища.

С точки зрения сословной истории, это типичная крестьянская фамилия. Никаких дворянских родов Дюньковых не зафиксировано — носители фамилии были, скорее всего, землепашцами или ремесленниками, получившими фамилию по уличному прозвищу предка. Фамилия не редкая, но и не массовая: по переписям XXI века её носителей в России — несколько тысяч, и почти все они сосредоточены в Черноземье.