Фамилия Джафарова образована от арабского мужского имени Джафар. В классическом арабском это имя означает «райский ручей» или «небольшой источник» — образ, связанный с представлением о рае в исламской культуре. Имя широко распространено среди иранских и тюркских народов, входящих в мусульманский ареал: у азербайджанцев, персов, таджиков, народов Дагестана и других.

Фамилия построена по типичной для русского языка модели: к основе имени Джафар добавлен патронимический суффикс -ов, а затем женское окончание -а. В русской традиции фамилии на -ов/-ев образовывались от имени или прозвища отца, отвечая на вопрос «чей?» — то есть «Джафарова» буквально означает «дочь (или жена) Джафара». Мужской вариант — Джафаров.

Среди современных носителей фамилии немало публичных людей. Низами Гулуоглы Джафаров — азербайджанский филолог, член-корреспондент Национальной академии наук Азербайджана, депутат парламента, доктор наук и профессор Бакинского университета. Эдуард (Этибар) Джафаров — режиссёр и журналист, чьи репортажи покупали крупнейшие телекомпании мира. Галиб Джафаров — казахстанский боксёр, чемпион мира в весовой категории до 57 килограммов.

Процесс закрепления фамилий у разных народов шёл неравномерно. У тюркских и кавказских народов фамилии в современном виде (с русскими суффиксами) стали массово фиксироваться в XIX–XX веках, особенно после переписей населения и введения паспортной системы в СССР. Поэтому точно определить, когда именно и в каком регионе возникла фамилия Джафарова у конкретной семьи, можно только по генеалогическим документам.