Фамилия Джаффаров — один из ярких примеров того, как арабское имя через тюркское посредничество закрепилось в русской фамильной системе. Её основа — мужское личное имя Джаффар, которое восходит к арабскому «Джафар» (جعفر), что означает «ручей», «источник», а в переносном смысле — «обильный», «щедрый». В исламской традиции это имя носил Джафар ас-Садик, шестой шиитский имам и крупный богослов, поэтому имя широко распространено среди мусульманских народов.

Фамилия образована по стандартной для тюркских и кавказских языков модели: к основе имени добавляется русский патронимический суффикс -ов. Формально это означает «сын Джаффара». Однако важно, что в азербайджанском, татарском, кумыкском и других тюркских языках окончание -ов/-ев закрепилось в период Российской империи, когда инородцам приписывали русские фамильные суффиксы в документах. Поэтому Джаффаров — это не столько «русская» фамилия, сколько «русифицированная» тюркская.

В отличие от более частого варианта Джафаров (с одной «ф»), форма с двойным «ф» — Джаффаров — встречается реже и может указывать на конкретный диалектный или родовой вариант произношения имени. В некоторых тюркских языках, например в азербайджанском, написание имени Джаффар (Cəffar) действительно предполагает двойной согласный, что отражает арабскую этимологию.

Носители фамилии Джаффаров традиционно связаны с Азербайджаном, Дагестаном (особенно у кумыков и лезгин), а также с татарской и башкирской средами. Сословно фамилия не несёт однозначной информации: её могли получить и крестьяне, и горожане, и духовные лица. Единственное, что можно сказать с уверенностью — предок по мужской линии носил имя Джаффар, и, скорее всего, был мусульманином-суннитом.