Фамилия Джаганов — редкий пример, где географический и языковой следы почти полностью стерты, а на первый план выходит словообразовательная загадка. Основа фамилии — «Джаган» — не имеет однозначного толкования в русском языке, и это сразу указывает на её иноязычное, скорее всего, тюркское происхождение. Суффикс «-ов» стандартно оформил фамилию по русской модели: от имени или прозвища предка Джаган.

Ключ к разгадке — в тюркских языках. Слово «джаган» (или «жаган») может восходить к нескольким корням. Самое вероятное — от тюркского «джан» (душа, жизнь) с усилительным аффиксом, то есть «живой», «душевный», или же от арабского «джахан» (мир, вселенная), которое через тюркское посредство стало личным именем. В казахском, татарском, башкирском языках имя Жаган (Джаган) встречается как вариант имени Джахан или как самостоятельное прозвище, означающее «мировой», «вселенский». Вторая, менее распространенная версия — связь с тюркским «джага» (край, окраина), что могло дать прозвище человеку, жившему на границе владений.

Таким образом, Джаганов — это «сын Джагана», то есть потомок человека, которого звали или прозвали Мировым, Вселенским (в переносном смысле — странником, бывалым) или, реже, Окраинным. В отличие от фамилий, образованных от канонических русских имен, эта фамилия почти наверняка указывает на тюркские корни предка — скорее всего, из поволжских татар, башкир, казахов или народов Кавказа, где подобные имена были распространены.

Фамилия Джаганов встречается крайне редко, что делает её «штучным» маркером рода. Носители этой фамилии сегодня рассеяны по России и странам бывшего СССР, но с наибольшей вероятностью их предки происходят из регионов с сильным тюркским влиянием — Татарстана, Башкортостана, Казахстана или Азербайджана. Поскольку фамилия не дворянская и не купеческая, её основа — личное прозвище или имя, а не сословный титул, что говорит о крестьянском или казачьем происхождении большинства носителей.