Фамилия Джанакаев — одна из тех, что сразу выдают кавказские корни, но точная география и язык-источник требуют разбора. В основе лежит личное имя или прозвище Джанакай. Это типичная для тюркских и кавказских языков модель: имя Джанакай + русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Суффикс указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде, скорее всего, при документальном учёте.

Имя Джанакай составное. Первая часть — «джан» (от тюркского can — душа, жизнь, дорогой). Вторая часть — «кай» — может быть уменьшительным или усилительным аффиксом, распространённым в тюркских именах (ср. Алтай, Болтай, Каракай). Таким образом, Джанакай буквально значит «душенька», «милый», «дорогой». В ономастике это типичное ласкательное прозвище, которое могло закрепиться за ребёнком как личное имя.

Спорных версий здесь немного. Иногда «кай» пытаются возвести к арабскому «каим» (стоящий), но это натяжка: фонетика и словообразовательная модель тюркских языков объясняют форму проще и естественнее. Вероятнее всего, фамилия сложилась у кумыков, ногайцев или балкарцев — народов, где имя Джан (Джанай) встречается, а суффикс -кай продуктивен. Встречается она и у чеченцев, но там, скорее, как заимствование через соседние тюркские группы.

Социально носители фамилии Джанакаев в XIX — начале XX века были в основном свободными горцами, не принадлежавшими к княжеским родам. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие — она чисто патронимическая, то есть образована от имени отца. В советское время, при паспортизации, форма закрепилась через русское окончание -ев, хотя в родном языке могла звучать как Джанакай (без суффикса) или Джанакайла (с тюркским аффиксом принадлежности).