Фамилия Джанакалов — редкий случай, когда тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом, но не через привычное -ов, а через более поздний и локальный вариант -алов. Если разобрать слово по частям, корень «Джанакал» почти наверняка восходит к тюркскому имени или прозвищу, где «джан» (can) означает «душа», «жизнь» или употребляется как ласковое обращение («дорогой»), а «акал» (akal) — «ум», «разум». Вместе «Джанакал» можно перевести как «светлая душа» или «живой ум» — типичное для тюркской антропонимики составное имя с пожеланием ума и душевности.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Обычно русские фамилии от тюркских имён образуются с суффиксом -ов: Джанакалов, а не Джанакалов. Но в данном случае мы видим суффикс -алов, который встречается в фамилиях, возникших на стыке тюркской и русской традиций, особенно в регионах с сильным татарским, башкирским или кавказским влиянием. Возможно, исходная форма была Джанакал (без суффикса), а фамилию оформили по образцу русских фамилий на -алов, которые в некоторых говорах заменяли обычное -ов (сравните: Козлов и Козлалов — редкий, но фиксируемый вариант). Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем одного из тюркских народов Северного Кавказа, принявшим православие и получившим фамилию по отцу.

География фамилии подтверждает эту версию. Джанакаловы встречаются в основном на юге России, в Ставропольском крае, Кабардино-Балкарии и соседних регионах. Это зона, где издавна живут тюркские народы (ногайцы, кумыки, балкарцы) и где фамилии с таким корнем не редкость. В отличие от более известных фамилий вроде Джанаев или Джанашвили, здесь именно тюркская основа, а не арабская или иранская, хотя слово «джан» в ней общеиранское.

Сословно предки Джанакаловых, вероятно, были не из дворян, а из крестьян или казаков — фамилия не встречается в родословных книгах Российской империи, что типично для поздних фамилий, оформленных в XIX веке. Спорных версий у этой фамилии немного: некоторые ошибочно выводят её из арабского «джанака» (война), но это натяжка — в тюркских языках такой корень не зафиксирован. Правдоподобнее всего исходное тюркское имя-пожелание, ставшее прозвищем, а затем и фамилией.