Фамилия Джанибековы образована от личного имени Джанибек, и её разумнее разбирать не по схеме «корень-суффикс», а через значение самого имени. Оно восходит к двум древнетюркским основам: «джан» — душа, и «бек» — господин, князь. Вместе это даёт примерно «господин, дорогой как душа» или «душа-господин». Родители, называя так сына, желали ему стать уважаемым, ценимым, любимым человеком — имя звучало как пожелание высокого положения и душевной близости одновременно.

Русский фамильный суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Джанибеков, то есть сын, потомок Джанибека. Такая модель типична для фамилий, которые входили в русский обиход через тюркские и кавказские народы, особенно в XVI–XIX веках, когда представители знати и служилых людей получали фамилии по отцу.

Само имя Джанибек исторически известно: его носил хан Золотой Орды Джанибек (правил в XIV веке), а также один из основателей Казахского ханства — Жанибек (Джанибек). Поэтому фамилия Джанибековы может иметь разную географию: от татарских и башкирских родов до казахских и кавказских. В России она чаще всего встречается среди народов Северного Кавказа, особенно у ногайцев, кумыков и аварцев, а также у татар. Ударение, как правило, падает на последний слог: Джанибе́ков.

Слово «бек» в составе фамилии — это не просто титул. В тюркской ономастике имена с компонентом «бек» давали не только знати: к XIX веку «бек» стал распространённым элементом личных имён, означавшим скорее пожелание благородства, чем реальный социальный статус. Так что предок Джанибеков мог быть и не князем, а просто человеком, чьё имя отражало надежду на его достойную жизнь.

В написании возможны варианты: Джанибеков, Жанибеков, Джаныбеков — это связано с особенностями передачи тюркского звука «ж/дж» в русской записи. В документах XIX века фамилия могла фиксироваться на слух по-разному, что стоит учитывать при поиске в архивах.