Фамилия Джанибеков — прямая отсылка к личному имени Джанибек, которое когда-то дали предку. Строение имени прозрачно: оно сложено из двух частей. Первая часть — «джан» (в тюркских и персидском языках означает «душа»), вторая — «бек» (тюркский титул, переводится как «господин», «князь», «владыка»). Смысл имени — «господин, дорогой как душа» или «душа господина». Такое имя могли дать с пожеланием, чтобы ребёнок стал для всех любимым и уважаемым человеком.

Фамилия образована по стандартной для русской среды модели: к основе имени Джанибек добавили русский патронимический суффикс -ов. Буквально Джанибеков — это «сын Джанибека». Со временем фамилия закрепилась и передавалась уже по мужской линии, независимо от того, как звали следующее поколение.

Встречаются варианты написания с одной «н» — Джанибеков и с двумя — Джанибеков. Оба варианта встречаются в документах, но исторически более точным считается написание через одну «н», так как имя Джанибек происходит от «джан» + «бек», без удвоения согласной на стыке. Удвоение могло появиться под влиянием русского произношения или орфографических ошибок.

Фамилия распространена среди народов Кавказа и Поволжья, особенно у тех, кто исторически использовал тюркские имена и титулы. Встречается у осетин, чеченцев, ингушей, татар, а также у народов Дагестана. В русском контексте фамилия остаётся достаточно редкой, но узнаваемой благодаря знаменитому носителю — советскому государственному деятелю и дипломату.