Фамилия Джапакова — женская форма от мужской Джапаков, и её происхождение почти наверняка ведёт к тюркским корням, а точнее — к личному имени Джапак. В основе лежит тюркское слово «джап» или «йап», которое в разных языках может означать «делать», «строить», «закрывать», но в именах чаще выступает как компонент с оттенком «покрывающий», «защищающий» либо как сокращение от более сложных имён вроде Джапар (Джафар). Суффикс -ов/-ев — типичный русский патронимический формант, который присоединялся к тюркским основам при оформлении фамилий у народов, вошедших в состав Российской империи, особенно в Поволжье, на Северном Кавказе и в Средней Азии.

Само имя Джапак могло быть прозвищем: у карачаевцев и балкарцев, например, «джапакъ» означает «воротник» или «опушка», что могло указывать на профессию скорняка или портного, имевшего дело с меховыми воротниками. У ногайцев и кумыков встречается имя Джапак как уменьшительная форма от Джапар («поток», «ручей» в переносном смысле — «щедрый»). Соответственно, предок носителя фамилии мог быть либо мастером по меху, либо человеком, получившим имя за щедрость или за внешнюю особенность — например, за густые брови или пышную бороду, напоминающую воротник.

Географически фамилия Джапакова и её мужской вариант Джапаков наиболее часты в Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии, а также среди ногайцев Ставрополья и дагестанских кумыков. Встречается она и в Казахстане, но там скорее как вариант передачи казахской фамилии Жапаков (от имени Жапак). Разница в написании с «Дж» вместо «Ж» — характерный признак фиксации фамилии в русских документах XIX — начала XX века, когда тюркские звуки передавали через «дж» (как в «джигит»). Таким образом, Джапакова — не случайная фамилия, а маркер северокавказского или ногайского происхождения с вполне конкретным ремесленным или прозвищным корнем.

Модель образования проста: имя Джапак + русский суффикс принадлежности -ов, что буквально значит «сын Джапака». Женская форма на -а появилась уже по русской грамматической традиции, когда фамилия стала передаваться по наследству и склоняться. Дворянского или боярского происхождения у этой фамилии нет — она крестьянская или казачья, возникшая не раньше середины XIX века, когда у народов Кавказа начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу.