Фамилия Ефрюшкин — один из примеров того, как в русской традиции из просторечной, «домашней» формы крестильного имени сложилась полноценная родовая фамилия. Основа здесь — имя Ефрюшка, уменьшительно-ласкательный вариант канонического имени Ефрем. В старину такие усечённые или смягчённые формы (Ефрюшка, Ефроша, Ефремка) были в ходу в быту, а в официальных документах и церковных записях человека могли записать полным именем. Со временем прозвище Ефрюшка закрепилось за главой семьи, а его дети и внуки стали Ефрюшкиными.

Сам корень восходит к древнееврейскому имени Эфраим, означающему «плодовитый», «растущий». На Русь имя пришло вместе с христианством и получило широкое распространение благодаря почитанию нескольких святых. Один из самых известных покровителей этого имени — преподобный Ефрем Перекомский, новгородский чудотворец. Его жизненный путь хорошо отражает судьбу многих русских подвижников: начав послушание в Калязинском монастыре у преподобного Макария, он затем перешёл в Савво-Вишерскую обитель, принял постриг, а около 1450 года удалился на озеро Ильмень. Там, в уединённой келье, вокруг него постепенно собралась братия, и Ефрем стал её настоятелем, приняв от новгородского архиепископа Евфимия сан иеромонаха. Этот сюжет показывает, насколько имя было значимо в народной памяти.

Фамилия образована по стандартной для русского севера и центра модели: основа (Ефрюшк-) + суффикс притяжательности -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «Ефрюшкин», то есть сын или потомок Ефрюшки. В отличие от более распространённого суффикса -ов, -ин чаще встречается у фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Поскольку Ефрюшка — имя с исходом на -а, здесь закономерно появился именно -ин, а не -ов.

Географически фамилия Ефрюшкин тяготеет к регионам, где имя Ефрем было особенно популярно: это Новгородская, Псковская, Тверская области, а также Поволжье. Встречается она нечасто, что объясняется редкостью самой уменьшительной формы: в большинстве регионов использовали варианты Ефремов, Ефремычев или Ефросимов. Ефрюшкин — более локальное, «домашнее» образование, сохранившее живую разговорную интонацию.

В словообразовательном плане фамилия примечательна тем, что в основе лежит не полное имя, а его производная форма с суффиксом -юшк-, который в древнерусском языке передавал ласкательность или принадлежность к младшему поколению. Такие формы часто давали детям или младшим членам семьи, а позже закреплялись как родовые прозвища. Поэтому можно предположить, что первый носитель фамилии был либо младшим сыном в семье, либо человеком, которого в детстве ласково называли Ефрюшкой, и это прозвище перешло к его потомкам уже как фамилия.