Фамилия Ефрюшкина образована от имени Ефрюшка — просторечной, обиходной формы крестильного имени Ефрем. В основе лежит церковная традиция: Ефрем — имя древнееврейского происхождения, которое переводится как «плодовитый» или «растущий». Такие «уменьшительные» имена на -юшк- (Ефрюшка, Афонюшка, Иванюшка) были широко распространены в русской деревне: в быту полное церковное имя почти не использовали, заменяя его домашним вариантом. Именно от этой повседневной формы и пошла фамилия.

Самый известный небесный покровитель имени — Ефрем Перекомский, новгородский подвижник XV века. В юности он ушёл послушником в Калязинский монастырь к преподобному Макарию, через три года перешёл в Савво-Вишерский монастырь и принял постриг. Около 1450 года Ефрем покинул обитель и поселился на берегу озера Ильмень, где выстроил себе келью. Постепенно вокруг него сложилась монашеская община, братия упросила его стать настоятелем, и новгородский архиепископ Евфимий рукоположил Ефрема в иеромонахи. Эта история показывает, что имя было хорошо известно на северо-западе Руси, что косвенно указывает на возможную географию фамилии: новгородские и псковские земли.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Ефрюшкин сын, Ефрюшкина дочь). Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России. Скорее всего, основатель рода Ефрюшкиных был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником, которого в документах записали по отцу: «Ефрюшкин» значило «сын Ефрюшки». Со временем это отчество закрепилось как наследственная фамилия.

Интересно, что полное имя Ефрем дало и другие фамилии — Ефремов, Ефремычев, Ефремушкин. Ефрюшкин стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -юшк-. Такая форма встречается реже, чем стандартное -ем- или -им-, поэтому фамилия сохранила живую народную огласовку имени, какой его слышали в повседневной речи, а не в церковном календаре.