Основой фамилии Ефрюшкина послужило церковное имя Ефрем. Имя Ефрюшка представляет собой производную форму имени Ефрем, которое в переводе с древнееврейского языка означает «плодовитый, растущий». Одним из покровителей этого имени считается Ефрем Перекомский. В юности он ушел послушником в Калязинский монастырь к преподобному Макарию. Пробыв там три года Ефрем перешел в Савво-Вишерский монастырь и принял постриг. Около 1450 года Ефрем покинул монастырь и перешёл на озеро Ильмень, где устроил себе келью. Вскоре вокруг него начала формироваться монашеская община. По просьбам братии Ефрем стал их настоятелем и около 1450 года принял от новгородского архиепископа Евфимия рукоположение во иеромонаха. Скорее всего, основатель рода Ефрюшкиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ефрюшка, со временем получил фамилию Ефрюшкин.