Фамилия Екатеринушкина — одна из тех, что сразу выдают имя основательницы рода. В её основе лежит женское имя Екатерина, которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка. В переводе с греческого «Екатерина» означает «чистая» или «непорочная», а небесной покровительницей имени считается Святая великомученица Екатерина, известная своей учёностью и твёрдой верой.

Словообразовательная модель здесь необычная и редкая. Фамилия образована не напрямую от имени Екатерина с помощью стандартных суффиксов -ов или -ин, а через уменьшительно-ласкательную форму Екатеринушка. Суффикс -ушк- в русских именах придаёт оттенок нежности и близости — так в быту называли дочь, жену или мать в семье. Далее к этой основе добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Екатеринушкин», то есть сын или потомок Екатеринушки. Женское окончание -а закрепилось за формой, которую носила женщина.

Такая модель встречается реже, чем фамилии от полных имён, и говорит о том, что прозвище или домашнее имя Екатеринушка было настолько устойчивым, что перешло в официальную фамилию. Скорее всего, предок носителя фамилии был сыном женщины, которую в семье и в окружении звали именно так — ласково, с теплотой. Это не отчество от отца, а матроним, то есть фамилия по матери, что в истории русских фамилий встречается заметно реже отчеств.

Точное место и время возникновения рода Екатеринушкиных, как и у большинства поздних крестьянских фамилий, можно установить только через углублённые генеалогические изыскания. Однако ясно, что фамилия сформировалась не раньше XVII–XVIII веков, когда фамилии на -ин начали массово закрепляться у непривилегированных сословий. В отличие от распространённых Екатерининых или Катерининых, вариант Екатеринушкин — штучный, и его носители, вероятно, происходят из одной локальной ветви, где имя Екатерина передавалось из поколения в поколение.