Фамилия Елисеи — довольно редкий случай среди русских фамилий. Если вы встретили человека с такой фамилией, почти наверняка перед вами не привычная форма на -ов/-ев или -ин, а так называемая «застывшая» форма родительного падежа множественного числа. В русской ономастике такая модель встречается в основном у фамилий, образованных от прозвищ или названий по признаку принадлежности к группе людей: «из Елисеев» или «из семьи Елисеевых». Однако в данном случае основа та же, что и у фамилии Елисеев, но суффикс не стандартный, а архаичный, что может указывать на северное или сибирское происхождение носителя.

В основе фамилии лежит каноническое имя Елисей. В переводе с древнееврейского оно означает «Бог — спасение». На Руси имя стало популярным благодаря библейскому пророку Елисею, ученику Ильи, и вошло в святцы. От этого имени образовалась масса фамилий: Елисеев, Елисеевский, Елисеенко, Елисеич, Елисеичев. Форма Елисеи стоит особняком: она не указывает на отчество («чей сын?»), а скорее фиксирует принадлежность к роду в целом — «из Елисеев». Такое окончание (-и) характерно для фамилий, которые в старых документах записывали как «Елисеи» (в значении «дети Елисея»), и со временем эта форма закрепилась в неизменном виде.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии Елисеи жил в местности, где было принято называть целую семью по имени отца-основателя во множественном числе. Это типично для северных говоров и некоторых регионов Сибири, где фамилии на -их/-ых (Седых, Белых) и на -и (Елисеи, Иваны) встречаются чаще. Сословно предки могли быть крестьянами или посадскими людьми — именно в этих средах такие словообразовательные модели бытовали дольше всего, в отличие от дворянских фамилий, где преобладали формы на -ов/-ев.

Интересно, что фамилия Елисеи не склоняется по падежам (как и другие фамилии с таким окончанием), что иногда создаёт путаницу в документах. Если сравнивать с однокоренными, то Елисеев — самая массовая форма, а Елисеи — её редкий диалектный вариант, сохранивший живую речь предков. В современных справочниках по русским фамилиям (например, у Б. Унбегауна) такая модель упоминается как одна из архаичных, но именно по фамилии Елисеи отдельных исследований практически нет — это поле для самостоятельного поиска в архивах.