Фамилия Емельненков — редкий пример того, как нестандартный суффикс сохранил в себе целую историю словообразования. В ней три слоя: основа, уменьшительный суффикс и фамильный формант.

Основа — крестильное имя Емельян (от греческого «аймилиос» — ласковый, приветный). Но если бы фамилию образовали напрямую от Емельян, она звучала бы как Емельянов. Вместо этого в основе лежит производная форма Емельня или Емельнята — так в народе могли называть сына или младшего родственника Емельяна. Суффикс «-енк(о)» в белорусской и украинской традиции означает «маленький» или «потомок»: Емельненко — «Емельнин внук».

Фамилия Емельненков — это обрусевшая версия украинской или белорусской фамилии Емельненко. В XIX веке, когда носители переселялись в великорусские губернии, фамилию адаптировали под местную модель: к основе на «-енко» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ов». Получилась гибридная форма: южный корень плюс северный фамильный патроним.

Географически фамилия тяготеет к Смоленской, Брянской и Калужской областям — зоне исторического смешения русского и белорусского населения. Встречается и на юге России, куда переселялись крестьяне с Украины. Сословно предки Емельненковых, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилии с суффиксом «-енко» в дворянской среде почти не встречались.

Важно не путать Емельненкова с Емельяненковым — это разные фамилии. Вторая образована от полной формы имени (Емельян + -енк(о) + -ов), а первая — от краткой основы «Емельн-», что говорит о более давнем и народном происхождении прозвища.