Фамилия Емельяненковы — одна из тех, что построены по модели «от имени отца». В её основе лежит мужское имя Емельян, а суффикс -енков указывает на то, что перед нами потомок человека по имени Емельян. Такая словообразовательная цепочка типична для восточнославянских фамилий: сначала от имени образовывалось отчество (Емельянов сын), а затем оно закреплялось за семьёй. Форма -енков вместо более привычного -ов или -ев — характерная черта фамилий, сложившихся в южнорусских и украинских говорах, а также в среде однодворцев. Поэтому Емельяненковы — это, скорее всего, выходцы с юга России, из чернозёмных областей или Поволжья.

Само имя Емельян пришло на Русь вместе с христианством. В церковном календаре оно звучит как Емилиан (Emilianos). У исследователей нет единого мнения о его значении. По одной версии, греческое слово «эмилиос» переводится как «ласковый» или «льстивый». По другой, более вероятной, корни имени уходят в латынь: Aemilianus означает «соперник» или «участник состязаний» (от того же корня, что и римский род Эмилиев). В народе имя быстро обросло просторечными формами: Емеля, Емелька, Миля. Именно от этих обиходных вариантов и пошли многочисленные родственные фамилии — Емельяновы, Емелькины, Емелины.

В отличие от фамилий на -ов, которые часто носили крестьяне центральных губерний, Емельяненковы могли принадлежать к служилым людям «по прибору» или к государственным крестьянам, жившим общинами на южных рубежах. Точную дату и место возникновения фамилии назвать сложно — процесс её становления шёл несколько столетий, окончательно закрепившись лишь к XIX веку. Однако ясно одно: перед нами не случайное прозвище, а фамилия-памятник, которая донесла до нас древнее имя в его народном звучании.