Фамилия Енковский — типичный пример фамилии, образованной по польско-белорусской модели с суффиксом -ский. Этот суффикс указывал на принадлежность к месту или на дворянское происхождение, хотя в Российской империи фамилии на -ский со временем перестали быть исключительно шляхетскими и распространились среди крестьян и мещан. Основа фамилии — топоним Енково или Енков. Такие названия встречаются в Беларуси, Польше и западных областях России. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из деревни или поместья с таким названием.

Корень «Енк-» требует особого внимания. В славянской ономастике он неочевиден. Самая вероятная версия — происхождение от уменьшительной формы имени Иван или Ена. В польском и белорусском языках имя Ян (Янко) могло трансформироваться в Енко через характерное для этих языков чередование гласных. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище от слова «енка» — так в некоторых русских говорах называли енота, либо от диалектного «енок» (ягненок). Однако для фамилии Енковский аграрное или охотничье прозвище — гипотеза слабая, потому что суффикс -ский чаще привязывал к месту, а не к занятию или внешности.

Географически фамилия Енковский распространена в основном в западных регионах бывшей Речи Посполитой: в Беларуси, на Украине, в Польше, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В России она редкая, что подтверждает её локальное происхождение. Примечательная деталь: в польском варианте фамилия могла писаться как Jękowski или Jenkowski — с носовой гласной «ę», которая при русификации превратилась в «е». Это типичный пример адаптации польской орфографии к русской кириллице.

Сословная принадлежность носителей фамилии в прошлом могла быть разной. Среди Енковских встречались и мелкие шляхтичи, и крестьяне, и духовенство. В метрических книгах XIX века фамилия фиксируется у униатских священников на территории современной Гродненской области — это дополнительный аргумент в пользу её западнорусского корня.