Фамилия Енков — редкий случай, когда происхождение не лежит на поверхности, и этимологу приходится выбирать между двумя разными корнями. В основе фамилии лежит либо краткая форма крестильного имени, либо прозвище от диалектного слова.

Первый и самый распространённый путь: Енков — это русифицированная форма фамилии от канонического имени Иоанн (в бытовом произношении — Иван). В русских говорах имя Иван сокращали не только до Ваня, но и до Еня, Енка. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Енки». Такой переход «И» в «Е» в начале слова (Иван → Енка) характерен для южнорусских и украинских говоров, а также для некоторых старых московских записей. Таким образом, носитель фамилии Енков — потомок человека, которого в семье называли Еней или Енкой.

Вторая версия выводит фамилию из прозвища, связанного с диалектным глаголом «енкать». В рязанских и тамбовских говорах это слово означало «говорить невнятно, мямлить», а также «плакать, хныкать». Прозвище Енка могли дать медлительному или капризному человеку. В отличие от первой версии, эта гипотеза привязывает фамилию к конкретному региону — чернозёмной полосе России.

География фамилии подтверждает обе версии. Основной массив Енковых сосредоточен в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях — как раз в зоне бытования «енкающего» говора. Встречается фамилия и на Урале, куда её могли занести переселенцы из центральных губерний. Важная деталь: в церковных метрических книгах XVIII–XIX веков фамилию часто записывали через «я» — Янков, что указывает на её произносительный, а не книжный характер.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что модель «Ен- + -ов» — редкая. В то время как фамилии от Ивана через уменьшительные формы дали тысячи вариантов (Иванов, Ванюков, Ванечкин), форма Енков осталась локальной. Это говорит о том, что прозвищная версия не менее правдоподобна: если бы фамилия была только от имени, её носителей было бы значительно больше.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: основа «Енк-» (усечённое имя или прозвище) плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Ударение в современном произношении падает на первый слог — Е́нков, хотя в диалектах могли говорить и на окончание. Сословных ограничений у фамилии нет: её носили и крестьяне, и мещане, и однодворцы южных губерний.