Фамилия Енькова образована от мужского имени Еня — одной из уменьшительных форм крестильного имени Евгений. В переводе с греческого Евгений означает «благородный». Суффикс -ко в основе указывает на то, что фамилия имеет украинские корни и представляет собой русифицированный вариант фамилии Енько. Таким образом, потомка человека по имени Еня со временем стали называть Еньковым.

Покровителем имени Евгений считается священномученик Евгений, проповедовавший христианство в землях Северного Причерноморья — от Дуная до Днепра, включая Крым, — и принявший мученическую смерть в IV веке в Херсонесе Таврическом. Эта историческая деталь связывает фамилию с раннехристианской традицией южнорусских и причерноморских земель.

Формант -ов типичен для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ. В данном случае он закрепил за родом принадлежность к конкретному предку — Ене. Аналогичные фамилии (Енькин, Енин, Енько) встречаются в украинской и южнорусской среде, но Енькова — одна из самых распространённых в этой группе.

Географически фамилия чаще всего встречается в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины, что подтверждает её происхождение из зоны активного смешения русской и украинской антропонимических традиций.