Основой фамилии Енькова послужило имя Еня. Фамилия Енькова восходит к мужскому крестильному имени Евгений, которое в переводе с греческогоязыка означает «благородный». Поэтому и в основу фамилии Енькова легла одна из уменьшительных форм имени Евгений – Еня. Суффикс –ко указывает на то, что фамилия Енькова является русифицированным вариантом украинской фамилии Енько. Покровителем человека с именем Евгений считался священномученик Евгений, который проповедовал христианство в землях Северного Причерноморья от Дуная до Днепра, включая Крым, и принял мученическую смерть в IV веке в городе Херсонесе Таврическом. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Еня, со временем получил фамилию Еньков.