Фамилия Енкова — женская форма фамилии Енков, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Енков, скорее всего, образована от краткой формы крестильного имени. В старину полные имена в быту почти не использовали, их заменяли производными: Иван превращался в Ваню, а Еней — в Еню. Имя Еней (или Енея) — это народная, просторечная форма канонического имени Евгений (от греческого «благородный»). Суффикс -ов в фамилии Енков указывает на принадлежность: Енков буквально означал «сын Ени» или «человек из рода Ени».

В русской ономастике есть и другая, менее распространённая версия. Фамилия могла возникнуть от прозвища Енка, которое давали человеку с каким-то характерным признаком. В некоторых говорах «енькать» значило «мямлить, говорить невнятно» или «ныть, канючить». Если прозвище было обидным, оно не обязательно переходило в фамилию напрямую — часто такие прозвища давали детям или молодым парням, а потом они закреплялись в документах уже как фамилия, утратив первоначальный смысл.

Географически фамилия Енков (и Енкова) встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. Встречается она и у украинцев, и у белорусов, но в этих языках суффикс -ов часто заменяется на -енко (Енченко) или -ук (Енчук). Интересно, что в некоторых старых переписных книгах XVII века встречается написание «Енковъ» с твёрдым знаком на конце — это указывает на то, что фамилия фиксировалась в письменных источниках уже тогда, когда она только начинала формироваться как наследственная.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Енкова нередкая, но и не массовая. Её отличает от похожих (Енин, Енютин, Енишев) именно суффикс -ов, который в русской традиции чаще всего прикреплялся к основам, оканчивающимся на согласный или -а. В случае с именем Еня (Ень) суффикс -ов закономерен: Еня → Енёв → Енков (с беглым гласным). Так что перед нами типичная патронимическая фамилия, которая говорит о том, что предок носителя был человеком по имени или прозвищу Еня.