Фамилия Епаров образована от прозвища или нецерковного имени Епар. Основа восходит к греческому слову eparchos — «наместник», «правитель области» (епарх). В Византии так называли градоначальников и высших чиновников, а в русской церковной традиции слово закрепилось за титулом епархиального архиерея. Прозвище Епар мог получить либо человек, служивший при епархиальном управлении, либо тот, кого в шутку величали «владыкой» за важный вид или властный характер.

Суффикс -ов указывает на типичную для русских фамилий модель принадлежности: Епаров — сын или потомок Епара. По говорам возможны варианты Епарев, Епарин, но форма на -ов закрепилась как основная. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где церковное влияние и греческие заимствования в быту были заметнее.

Менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем epar — «быстрый», «проворный», но она не объясняет суффикса -ов, характерного именно для русских фамилий, а не для татарских или башкирских. Кроме того, в тюркских языках слово с таким значением не зафиксировано как личное имя, а в русских документах Епары встречаются как крещёные люди. Поэтому греческая гипотеза выглядит убедительнее.

Среди носителей фамилии нет известных исторических деятелей, вошедших в энциклопедии, но в метрических книгах XIX века Епаровы — это крестьяне и мещане, реже священнослужители. Фамилия редкая, не вошла в сотни самых распространённых, что говорит о локальном бытовании и небольшом числе родовых ветвей.