Фамилия Епонишникова — женская форма фамилии Епонишников, а та в свою очередь образована от прозвища или нецерковного имени Епонишник. В основе этого прозвания лежит слово «епанча» — старинная верхняя одежда, широкий безрукавный плащ. Человек, которого называли Епонишником, скорее всего, шил такие плащи. Однако у слова «епанча» было и другое, сугубо техническое значение: на уральских плавильных заводах так называли печной кожух. Поэтому не исключено, что прозвище Епонишник давали кочегару или рабочему-металлургу, который имел дело с этим кожухом. Этот вариант привязывает фамилию к конкретному социальному слою — заводским мастеровым, что встречается реже, чем «ремесленная» версия.

Существует и третья, менее очевидная версия. В народе растение копытень называли «епанечник» или «епанча». Имя Епонишник могло быть связано с ним: в дохристианской традиции так называли ребёнка, чтобы природа приняла его как своего и наделила полезными качествами этого растения. В этом случае фамилия оказывается редким примером «растительного» прозвища, образованного через суффикс -ник с последующим -ов.

Суффикс -ов в основе Епонишников указывает на принадлежность: «сын Епонишника». Сама фамилия — редкая, с характерным скоплением суффиксов, что говорит о её позднем оформлении, скорее всего, в среде крестьян или заводских рабочих, где фамилии часто закреплялись в XIX веке.