Фамилия Епонишников — редкий случай, когда за основой стоит не одно, а сразу два совершенно разных ремесла, и оба уходят корнями в диалектное слово «епанча». В XVI–XVII веках епанчой называли не только широкий безрукавный плащ, но и, например, печной кожух на уральских плавильных заводах. Поэтому Епонишником могли прозвать как портного, который шил верхнюю одежду, так и кочегара или рабочего-металлурга — в зависимости от того, в какой губернии жил человек. Это не взаимоисключающие версии, а две параллельные ветви одного корня.

Суффикс -ник в основе Епонишник типичен для прозвищ по профессии: он указывает на человека, постоянно имеющего дело с названным предметом. Сравните: овчинник, сапожник, бронник. В данном случае епонишник — «тот, кто делает епанчи» или «тот, кто работает с епанчой». Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Епонишник → Епонишников, то есть «сын Епонишника».

Есть и третья, менее очевидная версия, которую приводят в народных этимологиях. В некоторых говорах «епанечник» или «епонишник» называли растение копытень, применявшееся в народной медицине и ветеринарии. Если прозвище пошло от травника или знахаря, то фамилия могла закрепиться в семьях, где передавали знания о целебных травах. Однако эта гипотеза слабее ремесленных: прозвища от названий растений обычно давали не по занятию, а по внешнему сходству или привычке, и в случае с копытнем такое сходство трудно представить.

Фамилия встречается крайне редко и имеет ярко выраженную региональную привязку — основная масса носителей сосредоточена в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях. География подсказывает, что наиболее вероятная версия происхождения связана не с плавильными заводами Урала, а с портновским ремеслом: в волжских сёлах епанча как вид крестьянской одежды бытовала дольше, чем в других регионах.