Фамилия Евдоким — редкий случай, когда фамилия полностью совпадает с полной формой мужского имени, а не с его производной. В русской традиции такие фамилии (Евдоким, Герасим, Ермолай) встречаются реже, чем патронимы на -ов/-ев, и часто указывают на позднее оформление или на происхождение из среды, где фамилии фиксировались по документам без переделки.

В основе лежит каноническое имя Евдоким (от греческого «eudokimos» — «пользующийся доброй славой, почётный»). Имя было распространено в среде духовенства и крестьянства, но фамилия Евдоким, в отличие от массовых Евдокимовых, сохранила исходную форму без суффикса принадлежности. Это могло произойти по двум причинам. Первая: фамилию дали в XIX веке при переписи, когда писарь записал имя главы семьи как есть, без переосмысления. Вторая, более вероятная: фамилия могла закрепиться в среде, где ещё в XVII—XVIII веках не было жёсткой модели на -ов, — например, у однодворцев южных губерний или у казаков, где патронимы нередко оставались в виде чистого имени.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. Если Евдокимов — это «чей? сын Евдокима», то Евдоким без суффикса — это прозвище-идентификатор, перешедшее в наследственное именование. В ономастике такие фамилии называют «нетрансформированными» или «окаменевшими» формами личных имён. Их немного: Прокофий, Кузьма, Фома — и в каждом случае это маркер либо очень ранней записи, либо, наоборот, позднего и упрощённого документирования.

Географически фамилия Евдоким встречается точечно: есть в Курской, Воронежской областях, в казачьих станицах Дона и Кубани. В центральных губерниях она почти не фиксируется — там доминирует Евдокимов. Это косвенно подтверждает версию о южнорусском или украинском влиянии: в украинской антропонимии фамилии без суффиксов (Тарас, Иван, Панас) — обычное дело.

Спорных версий происхождения, кроме очевидной именной, нет. Иногда фамилию ошибочно связывают со словом «доким» (якобы от «докимать» — дозревать), но это народная этимология, не подтверждённая ни словарями, ни историческими записями. Единственный надёжный источник — имя Евдоким, и фамилия просто сохранила его в нетронутом виде.