Фамилия Евдонин — один из характерных примеров того, как в русской ономастике народная форма имени полностью вытеснила в фамилии книжный, церковный вариант. В основе лежит имя Евдон — просторечная, обиходная версия канонического имени Евдоким. В русской деревне имя Евдоким, греческое по происхождению («доброславный» или «благочестивый»), часто сокращали и переделывали на свой лад: Евдон, Евдя, Доня. Вот от этой краткой формы и пошла фамилия.

Морфология здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Евдонин сын», то есть потомок человека по имени Евдон. Такая модель (основа на -а/-я, плюс -ин) в русских фамилиях одна из самых распространённых, но в паре с редким именем-основой она даёт нечастый вариант. Гораздо больше на Руси было Евдокимовых — от полной формы имени, а Евдонины встречаются заметно реже.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где имя Евдоким было в ходу у крестьянства. В южных и западных областях, где сильнее было влияние украинской и белорусской традиции, чаще встречались формы вроде Евдокименко или Овдокимов. Евдонины же — это, скорее всего, потомки крестьян из-под Владимира, Костромы или Вологодчины, где имя плотно держалось в обиходе вплоть до XIX века.

Интересно, что в некоторых говорах «евдоня» могло быть не только производным от имени, но и прозвищем — так могли назвать медлительного или задумчивого человека, от местного диалектного глагола «евдонить» (мешкать, копаться). Однако эта версия менее убедительна: прозвищные фамилии на -ин обычно образуются от прозвищ на -а/-я, но здесь первичным всё же выглядит имя, а не глагол. Документальных подтверждений существования такого глагола в широком употреблении нет.

Фамилия не относится к дворянским или купеческим — в старых списках служилых людей и родословных книгах она не встречается. Это чисто крестьянская фамилия, и её носители, скорее всего, были землепашцами, ремесленниками или священнослужителями низшего звена (дьячками, пономарями), потому что имя Евдоким особенно любили в церковной среде. В этом смысле Евдонины — типичная «фамилия из прихода», где имя отца или деда закрепилось за целым родом.