Фамилия Евдонов встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. На первый взгляд, в ней угадывается основа «Евдон», похожая на сокращённую форму какого-то канонического имени. Скорее всего, в основе лежит имя Евдон — просторечная, обиходная версия крестильного имени Евдоким. В русской деревне длинные имена часто усекали: Евдоким превращался в Евдона, Евдоху, Докима. От этой формы и пошла фамилия с типичным русским суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Евдона».

Менее вероятна, но возможна связь с греческим именем Евдон (Εὔδων), которое означает «благозвучный» или «сладкозвучный». В этом случае фамилия могла бы иметь книжное, церковное происхождение, но для России такой путь нетипичен: фамилии от полных греческих форм у крестьян и мещан почти не встречались, они закреплялись за духовенством, где часто принимали искусственный, семинарский вид (например, Евдоновский). Простая форма Евдонов с суффиксом -ов выглядит как народное образование, а не как учёная конструкция.

Ещё один нюанс — возможная региональная привязка. Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, в частности в Вологодской и Архангельской губерниях. В этих краях имя Евдоким было очень популярно, а его сокращённые формы — Евдон, Евдоня — фиксировались в писцовых книгах XVII века. Таким образом, предки современных Евдоновых — скорее всего, крестьяне или посадские люди Русского Севера, получившие фамилию по имени отца.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: основа (Евдон) + патронимический суффикс (-ов). Никаких редких суффиксов типа -их или -ский, что указывает на раннее закрепление фамилии в крестьянской среде, где преобладал именно такой способ именования. Встречается также вариант написания Евдоннов — с удвоенной «н», но он редок и, вероятно, возник из-за путаницы при записи или под влиянием фамилий на -ин (типа Евдонин).