Фамилия Фафин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Фафи). Основа здесь — Фаф.

Самая вероятная версия связывает эту основу с греческим именем Фотий (Φώτιος), которое означает «светлый», «просвещённый». В русской народной традиции имя Фотий нередко сокращалось и видоизменялось: в быту могли говорить Фотей, а в некоторых говорах — Фафей. От этой просторечной формы Фафей и образовалась фамилия Фафин (с закономерным смягчением согласного перед -ин). Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным человеком по имени Фотий, которого в деревне звали Фафеем.

Вторая, менее вероятная гипотеза, отталкивается от диалектного слова «фафа». В некоторых северных и сибирских говорах так называли нечто пустое, бессодержательное или же, напротив, хвастуна и пустомелю. Но эта версия слабая: слово «фафа» не зафиксировано в авторитетных словарях как устойчивое прозвище, а основа фаф- в русской ономастике почти всегда восходит к каноническому имени.

Географически фамилия Фафин — одна из самых редких. В дореволюционных переписях она встречается точечно, в основном в центральных губерниях России, что косвенно подтверждает её «книжное», церковное происхождение: Фотий — имя святых и нескольких патриархов, поэтому его давали в семьях, близких к церковной среде. В дворянских родословных Фафины не значатся — это фамилия крестьянская или мещанская, образованная от полного имени через уменьшительную форму, что типично для XVI–XVII веков.

Если отбросить редкие исключения, ответ прост: Фафин — это «сын Фафея», то есть потомок человека, которого в миру звали Фотий. Фамилия сохранила старую, почти забытую народную переработку греческого имени, и сегодня её носители — обладатели редкого лингвистического артефакта.