Фамилия Фагин — редкий случай, когда происхождение почти наверняка связано не с русским словом, а с адаптацией еврейской фамилии. Если мы разбираем русскую фамилию по стандартной модели, основа «Фаг-» не имеет славянских корней: нет древнерусского слова «фаг» или прозвища с таким звучанием. Зато в ашкеназской традиции есть фамилия Фагин (Fagin), которая восходит к библейскому имени Пега (или Фега), встречающемуся в родословных. В русской записи звук «ф» часто заменял иноязычное «п» или «ph», а суффикс -ин указывал на принадлежность: «сын Фаги» или «из семьи Фагиных».

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение. В XIX веке при «приписке» еврейского населения к фамилиям канцеляристы могли образовать Фагин от слова «фаг» (от греческого φαγός — «обжора» или «пожиратель»), но это скорее курьёз, чем реальная практика. Ни в одном известном ономастическом словаре (Унбегауна, Никонова) эта основа не фиксируется как славянская.

Географически фамилия Фагин встречается в основном в регионах бывшей черты оседлости — Беларуси, Украине, западных областях России. В дореволюционных переписях она почти не попадается среди крестьян или дворян, что косвенно подтверждает её позднее появление в русском контексте. Самый известный носитель — вымышленный Феджин из романа Диккенса, но это английское написание, и его влияние на русскую фамилию минимально.

Таким образом, если вы носите фамилию Фагин, скорее всего, ваши предки — еврейские жители местечек, получившие фамилию по имени предка в XIX веке. Русская этимология здесь маловероятна, а попытки связать её с «фаготом» или «фагоцитом» — народная этимология, не подтверждённая исторически.