Фамилия Факеев отвечает на вопрос «чей будете?» и принадлежит к самому массовому типу русских семейных именований — патронимам на -ов/-ев. Такую форму получали дети, внуки и более дальние потомки человека, которого в округе знали под личным именем Факей или Фокей. Суффикс здесь указывает на родство: Факеев буквально значит «сын Факея». Процесс закрепления таких отчеств в качестве постоянных фамилий растянулся на несколько столетий, поэтому точно сказать, где и когда это произошло, невозможно — в разных землях патронимы застывали в разное время.

Сложность в том, что за основой фамилии могут стоять два разных имени. Первое и самое вероятное — каноническое имя Фокей, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое происхождение дает две трактовки: либо «родом из Фокиды» (области в Средней Греции), либо «тюлень». Второй вариант — самостоятельное имя Факей, известное по библейской истории: так звали восемнадцатого царя Израильского, сына Ремалии. Этот Факей, чье имя толкуют как «зорко смотрящий», служил военачальником у царя Факия, но составил заговор, убил предшественника с помощью пятидесяти галаадитян и сам занял престол. Однако в русской именной традиции имя Факей встречается несравнимо реже, чем Фокей, поэтому большинство носителей фамилии, вероятно, ведут родословную от Фокея, а форма Факей возникла как народное, упрощенное произношение того же имени.

Интересно, что фамилия сохранила именно разговорный вариант имени: в церковных записях чаще писали Фокей или Фока, а в быту имя могли произносить как Факей. Такое расхождение книжной и устной формы — обычное дело для русской ономастики, и оно закрепилось в фамилии навсегда. Родственные фамилии — Фокин, Фокеев, Факин — образованы от других форм того же имени, и их существование подтверждает: имя было распространено, давало множество производных.

Несмотря на внешнюю простоту, фамилия Факеев — памятник того, как церковное имя, пройдя через живую народную речь, обрастало новыми звучаниями и в итоге застыло в виде родового прозвания, которое теперь несет в себе и греческий корень, и библейский сюжет, и особенности русского произношения.