Фамилия Фанина отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного имени Фаня — так в быту, по-домашнему, называли человека с церковным именем Феофан. В переводе с греческого Феофан значит «богоявленный». Модель простая: имя Фаня плюс притяжательный суффикс -ин, который в русских фамилиях указывал на принадлежность потомку. То есть Фанина буквально — «дочь или жена Фани», а изначально, в мужском варианте Фанин, — «сын Фани».

Фаня — это не единственная краткая форма от Феофана. В народной среде то же имя давало целый веер производных: Феша, Фофан, Фаня. Но именно форма Фаня оказалась настолько ходовой, что породила самостоятельные фамилии Фанин, Фанина, а также Фанкин. Любопытно, что путать Фаню с другими именами не стоит: в некоторых говорах Фаней могли окликнуть и Афанасия, но для фамилии Фанина основным и самым правдоподобным источником ономасты считают именно Феофана. Слабая версия про Афанасия существует, но она менее убедительна: у Афанасия были свои устойчивые уменьшительные — Афоня, Фося, Фаня встречается реже.

Скорее всего, основатель рода Фаниных был человеком из простого сословия. Фамилии на -ин в старину охотно присваивали крестьянам и посадским людям, тогда как дворянство чаще фиксировалось формами на -ов/-ев. В документах XVII–XVIII веков Фанины встречаются в переписных книгах центральных уездов России, но широкой географической привязки фамилия не имеет — она рассыпана по разным областям, что типично для имени, а не прозвища. Прозвищная фамилия обычно цеплялась к одному региону, а имя-основа кочевало вместе с носителями.

Сам Феофан — имя редкое для послепетровской России, его давали в основном в духовной среде. Но уменьшительное Фаня прижилось именно в крестьянской и мещанской среде, где полное имя звучало слишком книжно. Поэтому фамилия Фанина несёт отпечаток народной переработки церковного календаря: человек с гордым именем «богоявленный» в быту оставался просто Фаней, и эта простота закрепилась за его потомками навсегда.